Ich habe das selbe Problem.
über WinSCP startet er über die Konsole mit #java -jar gwteambuilder-server-1.2.981.jar & zwar aber er hängt sich dann auf.
Über Putty nimmt (egal ob mit oder ohne screen) die Zeile ohne zu meckern aber macht nix.
Das komische ist geb ich nur runserver.sh oder ./runserver.sh ein kommt die Meldung:
runserver.sh
/bin/sh: java -jar: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
selbst umschreiben hat nix gebracht hab auch mal ne genauere angabe versucht mit via Adresse zum Ziel in der sh aber hat auch nur selbige Meldung gebracht

achja wir haben es auf diesem Server lustigerweise genauso gemacht wie bei hyja und da ging es problemlos wie man sieht
mittlerweile durch hin und herschieben bekomme ich:
Command '"./runserver.sh"'
failed with return code 127 and error message
./runserver.sh: line 2: java: command not found.